Um dos temas mais polêmicos é a proposta do Ministério da Educação (MEC) de substituir o atual FUNDEF - Fundo de Manutenção e Desenvolvimento do Ensino Fundamental e de Valorização do Magistério  por outro: o FUNDEB - Fundo de Manutenção e Desenvolvimento da Educação Básica.  A consultora da Confederação Nacional de Municípios (CNM), Mariza Abreu, disse que a União Nacional dos Dirigentes Municipais de Educação (Undime) já se posicionou contra a medida.

Segundo ela, a entidade propõe a manutenção e o aperfeiçoamento do FUNDEF, o aumento da participação da União no fundo, e o avanço no financiamento de propostas que venha a beneficiar o ensino médio e infantil.

Na avaliação da CNM, caso o FUNDEB seja implementado, estará reunindo no mesmo fundo, níveis de ensino pelos quais Estados e municípios não são co-responsáveis. Hoje, a educação infantil é função própria dos municípios e o ensino médio dos Estados. Apenas o ensino fundamental é responsabilidade comum desses dois entes. A competência da União é na redistribuição em relação a toda educação básica. Além disso, na redistribuição dos recursos, com base nas matrículas de toda a educação básica, deixaria de existir a atual subvinculação de recursos para o ensino fundamental, prejudicando a todos os municípios. 

Já o representante do Fundo Nacional de Desenvolvimento da Educação (FNDE), Daniel Balaban, defendeu a iniciativa do MEC. Segundo ele, o novo fundo vai potencializar a receita, aumentando a arrecadação de 5% para 25%, sem o comprometimento de impostos municipais. A previsão é de que em 2005, o fundo tenha uma arrecadação de R$ 1,3 bilhões para estados e municípios de todo o país.